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已知哺乳動物的睡眠-覺醒循環會對代謝產生影響。有小鼠表明高脂飲食能改變晝夜節律。而在人類中，擾亂睡眠模式會增加食欲，提高肥胖和糖尿病的風險。出人意料的小鼠發現哺乳動物腸道的微生物組參與了晝夜節律的調控。顯示小鼠腸道菌群的代謝物生產存在每日節律，而且能夠影響生物鐘基因的表達。再次證實腸道微生物組是動態的，生物研究所的起床時的腸道菌與睡覺時的腸道菌并不相同，這會產生很大的影響，因為腸道菌的數量比機體內的細胞還多，而且它們會生產不同的酶和因子影響整個機體的代謝。
小鼠的晝夜節律受到了分子水平的破壞，這令我們非常意外。這意味著，微生物組能夠影響中樞神經系統和外周器官的生物鐘，還對腸道菌生產的代謝物進行了分析。發現在低脂飲食的正常小鼠中，有益細菌生產的短鏈脂肪酸會出現節律性變化。而且這種代謝物能夠直接調節肝細胞中生物鐘基因的表達。腸道菌能夠感知吃的時間、吃了什么以及吃了多少，并釋放代謝信號參與生物鐘調控，進而影響整個機體的代謝，高脂飲食會改變這些信號，干擾生物鐘功能，促進肥胖。
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